水耕的營(yíng)養液配方一般主要使作物長(cháng)得好長(cháng)得快，但水耕配方中可能缺乏人體所需的物質(zhì)，尤其在現在的科學(xué)知識有限之下，水耕栽培的產(chǎn)品無(wú)法像土壤中栽培的健全是可以推測的。
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1、生命科學(xué)在30多年來(lái)已大有進(jìn)步，可是對人類(lèi)的抗病、抗癌及健康與天然物質(zhì)有關(guān)的知識尚嫌不足，只在有限的營(yíng)養配方中生長(cháng)的作物，將產(chǎn)生何種缺失，不是立即能估計的，這點(diǎn)值得討論與思考。
2、現在科學(xué)知識中已知硒（Se）是人類(lèi)的微量元素，尤其最近更顯示癌癥、心臟疾病及其他疾病與體內的硒含量有關(guān)。過(guò)去并不知硒有何重要，因為在土壤栽培的食物一般都含有這個(gè)元素。
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3、硒就像其地重金屬一樣，大量攝取是有毒的，長(cháng)期食用不健全的食物或偏食不健全的食物，都可能是問(wèn)題的來(lái)源。水耕栽培作物可以大量直接吸收加入營(yíng)養，這些營(yíng)養是植物營(yíng)養，不一定是人體的營(yíng)養，我們需要有這種認知。
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4、吸收大量無(wú)機營(yíng)養的作物，若未經(jīng)轉化而累積，它的安全性需要列入考慮，尤其需要控制硝態(tài)氮或亞硝態(tài)氮，以及所用植物養分中所含之重金屬的問(wèn)題，需要觀(guān)察及檢測，并加強產(chǎn)品品質(zhì)。
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5、水耕栽培的基質(zhì)或營(yíng)養液需重視循環(huán)利用，減少對環(huán)境污染：水耕栽培的營(yíng)養液或基質(zhì)使用數次后，由于作物根部分泌物的大量釋放，不易種出優(yōu)良的產(chǎn)品，于是需要棄置。不當的棄置也可能造成環(huán)境污染，尤其是大量使用過(guò)的營(yíng)養液被棄置，應重視棄置的位置，及循環(huán)再利用的研究。