技術(shù)要求高，普遍推廣較困難
因作物不同品種和不同生長(cháng)階段對養分的需求不同，導致?tīng)I養液的配置與管理需要有接受過(guò)技術(shù)培訓的專(zhuān)業(yè)人員完成，不能廣泛地被一般的勞動(dòng)者所掌握．營(yíng)養液配置時(shí)所用的專(zhuān)用化肥，市場(chǎng)上不易買(mǎi)到，并且價(jià)格高昂。
廢棄液存在污染環(huán)境的風(fēng)險
無(wú)土栽培離不了營(yíng)養液，與營(yíng)養液配制相配套需一系列設備，如，測試系統、循環(huán)泵等，并且如果是開(kāi)放式栽培技術(shù)，存在廢棄營(yíng)養液硝酸鹽含量高，排放后易引起水體富營(yíng)養化的危險；
缺乏專(zhuān)用品種的選育
由于無(wú)土栽培系統的特殊性，迫切需要選育滿(mǎn)足植物根系抗病害、耐低溫、弱光、優(yōu)質(zhì)、高產(chǎn)的實(shí)用型專(zhuān)用品種，不僅可以提高作物的產(chǎn)出率，還可以創(chuàng )新產(chǎn)品市場(chǎng)，豐富產(chǎn)品類(lèi)別，如廣西壯族自治區棗樹(shù)矮化進(jìn)行無(wú)土栽培。
政府的扶持力度不夠
目前國內出臺了很多惠民政策，其中就包括農機具補貼，但大多數省份就只有設施大棚有補貼，而實(shí)現無(wú)土栽培自動(dòng)化及智能化所需要的智能溫室并不在扶持范圍內。