1、投資大。通過(guò)以上對基質(zhì)栽培式魚(yú)菜共生系統的成本收益分析，系統初始投資金額巨大，要達到 106.8 萬(wàn)元，這不是普通的中國農民能夠負擔的。而且，在大規模的投入資金之后，并不會(huì )在短期內就立刻見(jiàn)到回報。
2、技術(shù)難。魚(yú)菜共生系統是一個(gè)閉環(huán)的生產(chǎn)系統，不存在害蟲(chóng)和雜草，不使用肥料和農藥，它的良好運轉主要是依賴(lài)于系統中的魚(yú)、微生物和蔬菜三者之間的平衡。要想達到這個(gè)目標，就要求系統的操作者要對動(dòng)植物學(xué)和生物學(xué)有一定的了解，要具備相關(guān)專(zhuān)業(yè)知識。而這樣的高要求顯然是高于當前我國農民的基本素質(zhì)的。
3、風(fēng)險高。在系統開(kāi)始自循環(huán)之后，還有一個(gè)最大的風(fēng)險就是系統的不確定性。因為整個(gè)系統是一個(gè)相互影響的整體，所以其中有任何一個(gè)環(huán)節出現問(wèn)題，都會(huì )導致整個(gè)系統的癱瘓崩潰，進(jìn)而出現無(wú)法挽回的毀滅性后果。
想要發(fā)展魚(yú)菜共生系統，就要克服系統在技術(shù)和管理方面的難題。采用專(zhuān)家講解、現場(chǎng)演示等形式來(lái)進(jìn)行開(kāi)展這些培訓，進(jìn)而助推魚(yú)菜共生系統的發(fā)展。