土培條件下，淹水會(huì )使土壤通氣性下降，根際氧含量降低，土壤氧化還原電位過(guò)低。土壤氧化還原電位太低，土壤有機質(zhì)分解變慢養分供應能力會(huì )下降，嫌氣分解產(chǎn)生大量有機酸會(huì )抑制根系呼吸作用。土壤長(cháng)期的低氧化還原電位還會(huì )使Fe、Mn有效性增加造成根系毒害，硫化氫和丁酸積累也會(huì )抑制根系生長(cháng)。根系長(cháng)期生長(cháng)受抑制，長(cháng)期被毒物毒害，就會(huì )造成細胞壞死、凋亡，呈現出黑褐色的爛根癥狀，俗稱(chēng)淹水漚爛。
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水培條件下，營(yíng)養液的成分通常簡(jiǎn)單，沒(méi)有過(guò)多復雜的土壤有機物，只有必須的大量、中微量礦質(zhì)營(yíng)養。而且水培是要換水的！水培通常三到五天就要換一次水，不然水會(huì )臭，會(huì )有藻類(lèi)和其他微生物滋長(cháng)。因此，正規的水培條件下來(lái)不及積累大量的硫化氫等有害物質(zhì)，水有一定的氧溶解量，通過(guò)換水可以供應植物根系需要的氧氣。
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另外，土壤的成土母質(zhì)成分并不單一，不同母質(zhì)差別大，但淹水都會(huì )使土壤中的次生黏土礦物中Fe、Mn有效性升高甚至過(guò)量造成毒性增強，水培條件下的培養液不含鎘、砷、鋁等毒物，Fe、Mn、Cu、Zn等微涼元素的含量也控制在適宜水平遠不會(huì )因為環(huán)境變化造成過(guò)量或毒害。
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