在整個(gè)魚(yú)菜共生組合里，其實(shí)就是一個(gè)養細菌的幾個(gè)方法，我們?yōu)樗鼈儎?chuàng )造條件，讓它們沒(méi)日沒(méi)夜的為你工作，各就各位，各按其責的發(fā)展壯大，這才是魚(yú)菜共生的關(guān)鍵核心。
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在該系統里，必須養二類(lèi)細菌，一類(lèi)是發(fā)酵分解魚(yú)糞有機物的細菌，另一類(lèi)是硝化菌，硝化菌負責將分解后產(chǎn)生的產(chǎn)物即對魚(yú)有毒對菜不會(huì )吸收的氨氮亞硝酸鹽分解轉化為無(wú)毒的菜肥：硝酸鹽。
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利用好二類(lèi)細菌的功能是理論的基礎，其中一類(lèi)細菌負責把魚(yú)糞殘餌等有機物分解為無(wú)機鹽，只要是活物吃進(jìn)后都會(huì )有另一種表現產(chǎn)生另一種物質(zhì)，這類(lèi)細菌吃的是有機物魚(yú)糞等等，拉出來(lái)（轉化）的是一種叫氨氮，以固態(tài)或液態(tài)或氣態(tài)，而氨氮在一定環(huán)境及濃度條件下，快速轉化合成為亞硝酸鹽，也是以液氣固的三種狀態(tài)在水體中積聚，而亞硝酸鹽在達到一定濃度時(shí)對魚(yú)蝦的傷害非常大，所以世界上現在應用最廣泛和有效消滅亞硝酸鹽的就是硝化細菌，而且可以完全徹底的消失。
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這種閉鎖環(huán)工藝的魚(yú)菜共生系統可用于大規模生產(chǎn)，效率高，很大程度上減少水資源的使用。國內外眾多的研究都是基于閉環(huán)共生開(kāi)展的。